Misioni i Departamentit të Arsimit të Lartë dhe Shkencës është të nxisë cilësinë, integritetin, transparencën dhe konkurrencën në arsimin e lartë. Departamenti ka për qëllim të krijojë, zhvillojë dhe transmetojë njohuri përmes mësimdhënies dhe kërkimit shkencor, në bashkëpunim me industrinë, ndërkombëtarizimin, kërkimin shkencor dhe inovacionin. Ai synon gjithashtu të përgatisë studentët me njohuri dhe aftësi për tregun e punës, për studime të mëtejshme dhe për të siguruar mundësi të barabarta arsimore për të gjithë qytetarët që përballen me sfidat kombëtare dhe globale.
2.1. Propozon, harton dhe siguron zbatimin e dokumenteve të politikave publike/strategjive për arsimin e lartë dhe zhvillimin e shkencës, teknologjisë dhe inovacionit.
2.2. Propozon, harton dhe siguron zbatimin e legjislacionit në fushën e arsimit të lartë dhe shkencës.
2.3. Bashkërendon aktivitetet me Agjencinë e Kosovës për Akreditim (AKA) për ngritjen e cilësisë në arsimin e lartë.
2.4. Ofron mbështetje për rritjen e cilësisë së infrastrukturës për arsimin e lartë, shkencën dhe teknologjinë.
2.5. Ofron mbështetje për institucionet e arsimit të lartë për partneritete publiko-private, sipas kërkesës.
2.6. Ofron mbështetje në planifikimin dhe zhvillimin e programeve të mësimit në distancë.
2.7. Zhvillon politika dhe procedura për licencimin e institucioneve të arsimit të lartë private (IAL-ve) sipas legjislacionit në fuqi.
Drejtori i Departamentit të Arsimit të Lartë dhe Shkencës raporton tek Sekretari i Përgjithshëm.
Departamenti i Arsimit të Lartë dhe Shkencës përbëhet nga:
Divizioni për Zhvillim dhe Sigurim të Cilësisë
Divizioni për Shkencë
Divizioni për Inovacion
Divizioni për Zhvillimin e Programeve në Fushën e Bashkëpunimit Ndërkombëtar në Arsimin e Lartë dhe Shkencë
Qendra për Profesionet e Rregulluara
Numri i të punësuarve në Departamentin e Arsimit të Lartë dhe Shkencës është njëzet (20).