Misioni i Njësisë së Auditimit të Brendshëm është të kryejë aktivitete këshillëdhënëse të pavarura dhe objektive për ofrimin e sigurisë së arsyeshme, që synojnë shtimin e vlerës dhe përmirësimin e funksionimit të ministrisë. Njësia ndihmon subjektin për përmbushjen e objektivave përmes një qasjeje sistematike dhe të disiplinuar, duke vlerësuar dhe përmirësuar efektshmërinë e proceseve të menaxhimit të rrezikut, kontrollit dhe qeverisjes.
Njësia e Auditimit të Brendshëm është ekuivalente me strukturën funksionale administrative të divizionit.
3.1. Siguron zbatimin dhe respektimin e ligjeve, rregullave, politikave, udhëzimeve dhe doracakëve të përcaktuara me legjislacionin në fuqi.
3.2. Përgatit me kohë propozim-planin strategjik të auditimit në bazë të vlerësimit të rrezikut.
3.3. Organizon, kryen dhe mbikëqyrë të gjitha aktivitetet e auditimit të brendshëm për ministrinë dhe dorëzon rezultatet sipas legjislacionit në fuqi.
3.4. Përgatit dhe dorëzon raportet tremujore dhe vjetore për të gjitha aktivitetet e auditimit.
3.5. Përgatit dhe zbaton programin e sigurisë së cilësisë për vlerësimin e brendshëm dhe të jashtëm të funksionit të auditimit të brendshëm.
3.6. Raporton menjëherë tek menaxhmenti i lartë dhe Komiteti i Auditimit për çdo indikator të aktivitetit të mashtrimit apo korrupsionit; ofron propozime për përmirësimin e gjendjes dhe, nëse menaxhmenti i lartë nuk ndërmerr veprime të duhura, njofton autoritetet tjera kompetente.
Drejtori i Njësisë së Auditimit të Brendshëm raporton tek Ministri.
Numri i të punësuarve në Njësinë e Auditimit të Brendshëm është tre (3).
